В текущих сборках Chromium и Chrome Canary/Dev вы можете найти эксперимент, который позволяет создавать папки в Chrome App Launcher. Чтобы создать папку, достаточно перетащить одно приложение поверх другого. Практически как в Android. Каждой папке можно задать свое имя и таким образом систематизировать свою коллекцию приложений.

Работа еще далека от завершения. Например, удалить папку вы не сможете — нет такой возможности сейчас. Зато простое закрытие браузера все сбросит в стандартное состояние.

Активировать эксперимент вы можете по адресу chrome://flags/#enable-app-list-folder. Спасибо Берку за то, что привлек внимание к этой фишке.

Кстати, это только у меня теперь в Canary нельзя включить кнопку «Приложения» на панели закладок? Ее там больше нет, как и пункта в контекстном меню.